Докторская диссертация архим. Дорофея (Дбар) на тему «Место кончины св. Иоанна Златоуста» состоит из введения, трех основных частей, общего заключения (summary), описания библиографии и двух приложений. Объем диссертации в окончательном варианте составляет 400 стр. основного текста (вместе с 695-ю примечаниями), плюс 35 стр. описание библиографии и 48 стр. иллюстративного материала (31 географическая карта, 47 фотографий и различных иллюстраций). Диссертация написана на греческом языке.
Во введении автор дает подробное описание истории вопроса о месте кончины св. Иоанна Златоуста и появлении в конце XIX в. абхазской версии места кончины и погребения Святителя – Коман Абхазских, – связанной с именем «греческого археолога Константина Вриссиса».
 
В первой части диссертации (название: «Место кончины св. Иоанна Златоуста», состоит из 5 глав) архим. Дорофей вначале рассматривает в хронологическом порядке и с соответствующим критическим анализом, во-первых (глава 1), все источники, имеющие прямое, либо косвенное отношение к изучению жизни св. Иоанна (более 50 источников, которые автор распределяет на четыре группы), и во-вторых (глава 2), исследовательские работы по изучению жизнеописания Златоуста, начиная с эпохи Эразма Ротердамского и до наших дней (рассмотрены работы более 80 авторов). Далее (глава 3) архим. Дорофей дает, опираясь исключительно на данные источников, подробное описание второго и окончательного изгнания св. Иоанна из Константинопольской церковной кафедры, его жизни в ссылке, кончины и погребения (все важнейшие фрагменты из источников жизнеописания Святителя приведены и на языке оригинала – древнегреческом). В 3-ей главе (часть I) автор также дает описание истории и географического места расположения следующих населенных пунктов, связанных с последними годами жизни Златоуста: Кукуса и Арависсы – городов, где Святитель находился во время своей второй ссылки (404-407 гг.); Питиуса – города-крепости, который был определен как место окончательного его заточения; Коман Армянских(или Каппадокийских), Коман Понтийских и Коман Абхазских – населенных пунктов, претендующих на место кончины и погребения Златоуста (каждому из вышеперечисленных географических мест отведена отдельная подглава). Кроме того, в разделе, посвященном Команам Абхазским, архим. Дорофей описывает историю Василиско-Златоустовского женского монастыря в Абхазии (1898-1924 гг.), возрождение Команского храма и открытие при нем мужского монастыря св. Иоанна Златоуста (с 1988 г. – по сегодняшний день); исследует проблемные вопросы, связанные с историей «саркофага Златоуста» из Абхазии, с «могилой и источником св. Василиска» и «местом третьего обретения главы св. Иоанна Крестителя» в Команах Абхазских. 4-я глава (часть I) посвящена установлению личности греческого археолога Константина Вриссиса и его новой версии о месте кончины св. Иоанна Златоуста. Здесь же архим. Дорофей рассматривает и проблему «таинственной рукописи» X века, на основании которой «греческий археолог Вриссис» осуществил свое открытие относительно Коман Абхазских. Одна из подглав данного раздела посвящена известному сочинению Патриарха Фотия «Библиотека» (или «Μυριόβιβλος»). В 5-ой, последней главе первой части диссертации, автор суммирует все свои выводы относительно места кончины и погребения св. Иоанна Златоуста.
 
Во второй части диссертации (название: «Святой мученик Василиск Команский», состоит из 4 глав) архим. Дорофей, следуя той же схеме, что и в первой части своего исследования, вначале рассматривает в хронологическом порядке и с соответствующим критическим анализом, во-первых (глава 1), все источники, связанные с жизнеописанием св. Василиска Команского, который явился св. Иоанну Златоусту перед его кончиной в Команах (здесь, помимо источников жизнеописания Златоуста, рассмотренных в первой части диссертации, использованы и 10 других источников), и во-вторых (глава 2), исследовательские работы по изучению жизнеописания св. Василиска (работы более 15 авторов). Далее (глава 3) архим. Дорофей дает, опираясь на данные источников, подробное описание жизни и мученической кончины св. Василиска Команского (в примечаниях автор приводит и существующие в источниках расхождения деталей жизнеописания названного святого Мученика). В 4-ой, последней главе, автор суммирует все свои выводы относительно личности св. Василиска, который явился св. Иоанну Златоусту в 407 г. в Команах, и уточняет, к какому из трех городов под одноименным названием Команы (Команы Армянские, Команы Понтийские и Команы Абхазские) имел отношение этот святой Мученик.
В третей части диссертации (название: «Перенесение мощей св. Иоанна Златоуста из Коман в Константинополь», состоит из 4 глав) архим. Дорофей, следуя той же схеме, что и в предыдущих двух частях своего исследования, вначале рассматривает в хронологическом порядке и с соответствующим критическим анализом, во-первых (глава 1), источники, связанные с описанием события обретения и перенесения мощей св. Иоанна Златоуста, которое произошло в 438 г. в Команах (здесь, помимо источников жизнеописания Святителя, рассмотренных в первой части диссертации, использованы и 10 других источников), и во-вторых (глава 2), исследовательские работы по изучению истории обретения и перенесения мощей Златоуста (работы 16 авторов). Далее (глава 3) архим. Дорофей дает, на основе данных источников, описание истории перенесения мощей св. Иоанна из Коман в Константинополь. В 4-ой, последней главе, автор суммирует все свои выводы относительно вышеуказанного события и уточняет, из какого именно места были перенесены останки Златоуста в 438 г.
 
В завершении диссертации архим. Дорофей дает общее заключение на двух языках (на греческом и английском) и указывает полный перечень источников и исследовательских работ, использованных в диссертации. «Библиографию» составили: 32 наименования изданных каталогов греческих рукописей; 6 неизданных греческих рукописей; 9 изданных кодификационных каталогов греческих и латинских источников; 97 наименований книг, сборников и отдельных публикаций с текстами греческих источников; 2 архивных документа; 278 наименований различных монографий и статей (итого 422). В состав «Библиографии», которая приведена в конце, автор не включил наименования большого количества работ, имевших косвенное отношение к теме исследования. Однако все они указаны в соответствующих примечаниях к основному тексту диссертации.
 
В приложении к диссертации архим. Дорофей приводит 31 географическую карту, большинство из которых были составлены им самим на основе «Googleearth», и 47 иллюстраций, среди которых и ряд редчайших фотографий, связанных с Команами Понтийскими и Команами Абхазским.
 
Σκοπός της διατριβής ήταν η έρευνα του τόπου θανάτου του αγ. Ιωάννου Χρυσοστόμου. Στο πρώτο μέρος της διατριβής μελετήσαμε όλες τις πηγές για τη ζωή του Χρυσοστόμου και καταλήξαμε στο συμπέρασμα: ο Άγιος κατά την πορεία του από την Κουκουσό της Αρμενίας (σημερ. Göksun, Τουρκία), προς την Πιτυούντα (σημερ. Πιτσούντα, Αμπχαζία), πέθανε στις 14 Σεπτεμβρίου 407 στα Κόμανα του Πόνου (σημερ. Gömenek, Τουρκία). Aποκλείεται κάθε ενδεχόμενο θανάτου του στα Κόμανα της Αρμενίας (σημερ. Şar, Τουρκία). Αποκλείονται και τα Κόμανα της Αμπχαζίας, τα οποία, εξαιτίας μιας νεοφανούς εκδοχής ενός άγνωστου έλληνα αρχαιολόγου Κωνσταντίνου Βρύσση, από το 1884 άρχισαν να θεωρούνται ως τόπος θανάτου του Χρυσοστόμου. Εξετάσαμε και το ενδεχόμενο, το χωριό Βιζέρι στον Πόντο (σημερ. Akbelen, Τουρκία) να απετέλεσε τόπο θανάτου του Ιωάννου. Και αυτό το ενδεχόμενο είναι εσφαλμένο. Το δεύτερο μέρος της διατριβής αφιερώθηκε στη διερεύνηση τον προσδιορισμό της αγιολογικής ταυτότητας του αγ. Βασιλίσκου και καταλήξαμε στο συμπέρασμα ότι ο Άγιος που εμφανίστηκε στον Χρυσόστομο στα Κόμανα ήταν κατά πάσαν πιθανότητα ο μάρτυρας Βασιλίσκος, συναθλητής των αγίων Ευτροπίου και Κλεονίκου, ο οποίος μαρτύρησε στα Κόμανα του Πόντου. Το τρίτο μέρος της διατριβής ήταν προσανατολισμένο στη μετακομιδή του λειψάνου του Χρυσοστόμου. Από την πλειοψηφία των πηγών αναφέρονται τα Κόμανα του Πόντου ως τόπος της ανακομιδής του λείψανου. Αποκλείστηκε κάθε ενδεχόμενο μετακομιδής του λειψάνου είτε από τα Κόμανα της Αρμενίας είτε από την Πιτυούντα.